Muggia nacque come castelliere nel VII secolo a.C, passò a far parte dell'Impero Romano nel II secolo a.C dopo le campagne per la conquista dell'Istria.
Caduto l'Impero Romano d'Occidente passò di mano dai Longobardi, ai Bizantini ed ai Franchi.
Dal X al XIV secolo fece parte del Patriarcato di Aquileia.
Nel 1420 dopo essere stata attaccata dai Genovesi decise di far parte della Repubblica di Venezia.
Caduta Venezia ci fu un breve periodo Napoleonico per poi passare all'Impero Austroungarico.
Durante questo periodo la cittadina vide un forte sviluppo della cantieristica navale.
Alla fine della Grande Guerra divenne italiana.
Dopo il secondo conflitto Mondiale Muggia perse una grossa parte del suo territorio che venne ceduto alla Jugoslavia.
Molti dei suoi abitanti furono costretti ad abbandonare le proprie case diventando esuli.
A Muggia venne concessa la medaglia d'argento per la lotta della sua gente contro l'occupatore nazista.
A Muggia c'è un castello del XIV secolo che ora è la residenza di uno scultore, nella piazza principale il Duomo dei santi Giovanni e Paolo consacrato alla fine del XIII secolo mentre la facciata gotico-veneziana risale al secolo successivo.

Sulla collina sopra Muggia ci sono i resti dell'abitato di Muggia Vecchia, nel vicino Querceto si intravede ciò che resta di una casa probabilmente di un fabbro, ed i resti delle mura di cinta.
Altri resti di abitazioni si intravedono attraversando la strada nei pressi dell'antica chiesetta di S.Maria Assunta.
Quest'ultima risale al XII secolo ed al suo interno sono ancora visibili il leggio ed i grandi pilastri all'ingresso che appartenevano ad un edificio di culto precedente (VIII secolo)

Non lontano da Muggia a S.Barbara dopo un bel sentiero panoramico si arriva presso un vecchio Castelliere di epoca Romana.
Si sa che nello stesso luogo ne sorgeva uno ancora più antico.

La Chiesa di S.Francesco a Muggia risale al 1411 e' un interessante esempio di gotico-francescano.
Al suo interno sono conservate numerose testimonianze storiche muggesane.

Curiosità: a Muggia si conserva un forte sentimento carnevalesco sicuramente dovuto al lungo periodo di dominazione veneziano.
Muggia è l'unica cittadina istro-veneta rimasta in territorio italiano dopo i tragici fatti della seconda guerra mondiale